Копия документа в оплате расходов.

Вопрос
В 2020 году оплатили расходы (компенсация проезда к месту отдыха и обратно) сотруднику, и один документ из всех - копия. Оригинал сотрудник не принес, почему, бухгалтер не помнит. В этом году прошла проверка, написали замечания. Позвонил сотрудник, говорит, что всё сдал в бухгалтерию в оригинале.
Ответ
Тут нужно понимать, копия какого именно документа. Например, если это копия посадочного талона, но есть оригинал документа об оплате, то на усмотрение руководителя можно принять такой авансовый отчет к оплате в полной сумме, ведь, по сути, расходы подтверждены
Если же кроме копии нет других подтверждающих документов, то опять же руководитель может разрешить оплату - либо за счет экономии, либо за счет платной деятельности (для бюджетных и автономных учреждений).
Как следует из вопроса, отчет уже подписан руководителем. Значит, то по умолчанию он разрешил провести расходы, подтвержденные копией вместо оригинала.
Если проверяющие требуют вернуть в бюджет неподтвержденную сумму, вы сами должны принять решение за чей счет. Например, по согласованию с сотрудником, который ездил в отпуск, он может вернуть деньги учреждению. Но тут только если сотрудник согласен.
Либо устанавливайте виновного сотрудника, который своими действиями нанес учреждению прямой ущерб и обязан возместить его в соответствии со статьей 238 ТК РФ.